Kopi pertama kali dibawa ke Indonesia pada tahun 1696. Komandan Pasukan Belanda Adrian Van Ommen membawa kopi dari Malabar, India yang masuk melalui Batavia (Jakarta). Kopi yang dibawanya berjenis Arabica, kemudian ditanam dan dikembangkan di tempat yang kini dikenal sebagai Pondok Kopi di Jakarta Timur. Sayangnya, tanaman kopi tersebut mati karena banjir, hingga pada tahun 1699 bibit-bibit baru didatangkan dan berkembang di sekitar Batavia dan Jawa Barat. Akhirnya, kopi menyebar di berbagai wilayah di Indonesia seperti Sumatera, Bali, Sulawesi, dan Timor.
Kopi menjadi komoditas dagang andalan VOC, dan ekspor pertama kali dilakukan oleh kongsi dagang Kolonial Belanda itu pada tahun 1711. Dalam kurun waktu 10 tahun, ekspor kopi meningkat hingga 60 ton/tahun.
Hindia Belanda menjadi perkebunan kopi pertama di luar Arab dan Ethiopia dan VOC memonopoli pasar kopi dunia dari tahun 1725-1780. Kopi dari Jawa sangat digemari oleh masyarakat Eropa, hingga mereka menyebutnya “secangkir Jawa (a cup of Java)”. Hingga pertengahan abad ke-19, kopi Jawa adalah yang terbaik di dunia.
Perkembangan budidaya kopi jenis Arabica di Indonesia mengalami kemunduran akibat serangan penyakit karat daun (Hemileia vastatrix) yang masuk ke Indonesia sejak tahun 1876. Tanaman kopi Arabika yang dapat bertahan hidup hanya yang tumbuh pada ketinggian 1000 mdpl ke atas, dimana serangan penyakit ini tidak begitu hebat. Kini, kopi jenis Arabica bisa ditemui di Dataran Tinggi Ijen (Jawa Timur), Tanah Tinggi Toraja (Sulawesi Selatan), lereng bagian atas Bukit Barisan (Sumatera) seperti Mandheling (Mandailing), Lintong dan Sidikalang di Sumatera Utara dan Dataran Tinggi Gayo di Nanggroe Aceh Darussalam.
Pemerintah Hindia Belanda mendatangkan kopi jenis Liberica (Coffea liberica) pada tahun 1875. Namun, kopi jenis ini ternyata juga mudah diserang penyakit karat daun dan kurang disukai karena rasanya terlalu asam. Sisa tanaman kopi Liberica ini masih dapat dijumpai di Jambi, Jawa Tengah, dan Kalimantan.
Selanjutnya, Pemerintah Hindia Belanda mendatangkan kopi jenis Robusta (Coffea canephora) tahun 1900. Kopi Robusta tahan terhadap penyakit karat daun dan pemeliharaannya juga lebih mudah dibandingkan jenis kopi sebelumnya, sedangkan produksinya jauh lebih tinggi. Kopi Robusta cepat berkembang menggantikan kopi Arabica khususnya di daerah-daerah dengan ketinggian di bawah 1000 mdpl dan mulai menyebar di Jawa, Sumatera maupun Indonesia bagian Timur.
